-
--account, --slurm-account, --qsub-account <account>
-
--adapter-trim, --no-adapter-trim
-
--analysis-dir <analysis_dir>
-
--case-id <case_id>
-
--case-id-map <case_id_map>
-
--cluster-config <cluster_config>
-
--customer-id <customer_id>
-
--disable-variant-caller <disable_variant_caller>
-
--loglevel <loglevel>
-
--mail-type <mail_type>
-
--mail-user <mail_user>
-
--normal <normal>
-
--normal-sample-name <normal_sample_name>
-
--qos <qos>
-
--quality-trim, --no-quality-trim
-
--run-mode <run_mode>
-
--sample-config <sample_config>
-
--sample-id-map <sample_id_map>
-
--singularity <singularity>
-
--snakemake-opt <snakemake_opt>
-
--snv-vcf <snv_vcf>
-
--sv-vcf <sv_vcf>
-
--tumor <tumor>
-
--tumor-sample-name <tumor_sample_name>
-
--umi, --no-umi
-
--umi-trim-length <umi_trim_length>
-
--version
|
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-a, --analysis-type <analysis_type>
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-c, --cluster-config <cluster_config>
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-c, --configfile <configfile>
-
-c, --cosmic-key <cosmic_key>
-
-d, --dagfile <dagfile>
-
-f, --force-all
-
-g, --genome-version <genome_version>
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-i, --input_file <input_file>
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-l, --log-file <log_file>
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-m, --delivery-mode <delivery_mode>
-
-m, --show-only-missing
-
-n, --normal <normal>
-
-o, --outdir <outdir>
-
-o, --output_file <output_file>
-
-p, --panel-bed <panel_bed>
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-p, --print-files
-
-p, --profile <profile>
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-r, --reference-config <reference_config>
-
-r, --reference_file <reference_file>
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-r, --rules-to-deliver <rules_to_deliver>
-
-r, --run-analysis
-
-s, --sample-config <sample_config>
-
-S, --snake-file <snake_file>
-
-s, --snakefile <snakefile>
-
-t, --tumor <tumor>
|